После установки КриптоПро .NET чать кода Microsoft .Net Framework функционирует не так, как это описано в документации по .Net Framework. Большинство изменений влияет на функционирование классов при использовании алгоритмов ГОСТ, а при использовании иностранных алгоритмов (RSA, DSA, DES и др.) функционирование остается без изменений. В некоторых случаях, таких как получение класса секретного ключа по сертификату ГОСТ, такое изменение очевидно и не всегда документировано; в других, таких как получение класса секретного ключа по имени алгоритма, требует документирования (имя алгоритма) и приводится ниже.